In nicht allzuferner Zukunft sind die Ressourcen der Meeresböden keine unerreichbaren Schätze mehr. Im Jahre 2018 entstehen auf dem Boden der Ozeane Fördereinrichtungen, Kraftwerke, ja ganze von Menschen bevölkerte Kolonien. Weil es immer wieder zu Krisensituationen und Grenzstreitigkeiten kommt, wurde die "United Earth/Oceans Organisation" (UEO) gegründet. Von ihr erhält die "seaQuest", ein U-Boot von gigantischen Ausmaßen, das Mandat, die oft militärisch geführten Auseinandersetzungen der verfeindeten Parteien einzudämmen.

Gleichzeitig verfügt die "seaQuest" über ein Team von hochkarätigen Wissenschaftlern, die neueste Erkenntisse über Meeresbiologie und -geologie erbringen sollen. Bei der UEO ist man sich einig, dass nur ein Mann ein Projekt von dieser Tragweite leiten kann: Captain Nathan Bridger. Doch Bridger lehnt zunächst ab. Der hoch dekorierte Kommandant hat sich, nachdem sein Sohn bei einem Navy-Einsatz gefallen war, auf eine einsame Insel zurückgezogen.

Dennoch gelingt es Admiral Noyce, Bridger für das Vorhaben zu interessieren, denn Bridger war selbst an der Entwicklung der "seaQuest" beteiligt, hat aber nie das Endprodukt gesehen. Als er das U-Boot betritt, wird plötzlich der Befehl zum Auslaufen gegeben. Bridger könnte zwar nach Erreichen des offenen Meeres mit einem Sea-Shuttle zurückkehren, doch ein angreifendes Kampfboot macht diese Pläne zunichte.
Das "Delta 4"-Boot steht in Diensten von "George", einem größenwahnsinnigen Kriminellen, dem die Mission der "seaQuest" ein Dorn im Auge ist. Kommandantin ist Captain Stark, eine ehemalige Schülerin Bridgers, die die "seaQuest" um jeden Preis aus der Reserve locken will, weil sie einst in einer Krisensituation ihres Kommandos enthoben wurde. Als Bridger merkt, dass nur er in der Lage ist, die skrupellose Stark zu bekämpfen, um weitere Gefahren abzuwenden, übernimmt er das Kommando. Es kommt zur alles entscheidenden Begegnung zwischen der "Delta 4" und der "seaQuest".

RTL NITRO zeigt "Seaquest DSV" immer sonntags ab 16.00 Uhr.